La historia de l’ermita de Sant Cap es força confusa.
El 1158 els monjos premonstratencs s’instal·laren al mont Malet, a la diòcesi d’Urgell, i al terme de Vilanova de la Sal es fundà el monestir que dugué el nom de Bellpuig el Vell, del qual Joan d’ Organyà, conegut com sant Cap, fou el primer prior. El 1166 començaren les obres de l’actual monestir de Bellpuig de les Avellanes. El 1173 Joan d’ Organyà decidí torna a la solitud del mont Malet, on es lliura a una vida d’oració i penitencia, i on molts pelegrins acudien per la seva fama.

De l’antic edifici premonstratencs no en queda pràcticament res mes que els carreus aprofitats per la construcció de la façana actual de l’ermita trogloditica.
S’hi fan rogatives per demanar pluja.