L’esglèsia de Sant Miquel fou, i encara és, la parròquia del terme del castell de Fontllonga. Se sap que fins a la desamortització eclesiàstica depengué del priorat de Santa Maria de Meià. I les primeres notícies que se’n tenen es remunten a l’any 1049, quan un tal Vuart, la seva muller i el germà Ramon Temon donaren al monestir de Santa Maria de Meià i a l’esglèsia de Sant Miquel de Fontllonga el delme de l’anomenat lloc de Fontllonga.

És un edifici d’una sola nau coberta amb volta de canó de perfil apuntat, reforçada per arcs torals (també de perfil apuntat), i capçada a llevant per un absis semicircular. Aquest absis és precedit per un estret arc presbiteral, que, com la volta absidal, arrenca d’una motllura bisellada. Dos arcs formers de l’obra original actuen com a capelles als costats d’aquest absis. I d’altra banda, dos altres nínxols que s’obren al centre de la nau corresponen als processos de reforma i ampliació d’altars que patí l’edificí, els quals en conformen l’aspecte actual.

Al mur de ponent, capçat per un campanar de torre que correspón a les reformes tardanes, s’obre una finestra d’una sola esqueixada amb arc apuntat, molt estreta i esvelta. I en la mateixa façana trobem la porta d’accés actual al temple, resolta en arc apuntat, i emfatitzada per una arquivolta en degradació, amb un motlluratge molt simple de clara filiació gòtica.

Pel que fa al mur del nord, es conserva paredada, una altra porta resolta en un arc lleugerament apuntat, i que podria correspondre a una porta primitiva.
Tot i la topologia de l’aparell, certament arcaïtzant, les condicions de l’edifici assenyalen clarament una datació avançada per a la seva construcció, ja dins el segle XIII, sense que es pugui descartar que l’obra fos acabada entrat el segle XIV.